Днестровский гидроэнергетический комплекс (ГЭС) повлиял на качество воды вдоль реки, особенно после накопления озер CHE 1 и CHE 2. Таким образом, содержание веществ в суспензии резко падает в Днестре по течению гидроэнергетического комплекса, вода становится прозрачной. Водохранилище-это своего рода «ловушка», которая удерживает движение суспензии вниз по течению.
В малом русле озера-накопителя оседает значительное количество аллювия, частиц, мутности. ГЭС значительно сократила содержание тяжелых металлов в водах Днестра. После разлива из гидроэнергетического комплекса уменьшается содержание меди, цинка и др.a, возможно, и других токсичных органических соединений, которые имеют свойство поглощать частицы и коллоиды. Эти загрязнители «улавливаются» в основном резервуаре и откладываются на дне этого водоема, не перемещаясь вниз по течению.
После разлива в CHE-2 растворенные формы металлов в основном присутствуют в воде. Их общее содержание несколько снижается и максимальные значения некоторых металлов в воде уменьшаются. Он немного уменьшает их общее содержание и снижает максимальные значения некоторых металлов в воде.
Содержание биогенов, в частности, ионов аммония и нитратов, уменьшается по сравнению с точкой наблюдения при входе в водохранилище. Вода, которая идет вниз по течению, менее богата питательными веществами.
Максимальные значения иона аммония (наиболее токсичная форма нитрата в воде) намного ниже после разлива воды из CHE-2 по сравнению с рекой вверх по течению от основного озера-накопителя.
Средние значения кислорода, растворенного в воде, практически одинаковы, как вверх, так и вниз по течению от водохранилища, но колебания концентрации кислорода вниз по течению плотины заметно выше, что, несомненно, определяется функционированием гидроэнергетического комплекса. Регистрируются пики с высоким содержанием кислорода (при проведении разлива), которые чередуются с видимым снижением его в воде (когда разлив минимален или отсутствует).
Оказывается, под воздействием гидроэлектростанции меняется реакция окружающей среды (рН). Слабощелочные воды, специфичные для Днестра и зарегистрированные вверх по течению от основного водохранилища, становятся более нейтральными (происходит их подкисление) при въезде в Молдову.
Днестровский гидроэнергетический комплекс оказывает заметное влияние на тепловой режим реки вниз по течению, так как захват воды для турбин осуществляется из глубоких слоев водохранилища, где вода имеет низкую температуру. В связи с этим, в бифул (часть канала или реки, заключенная между двумя шлюзами или плотинами) ниже, температура выше нормы в холодное время года и ниже нормы — в теплое время года. Наблюдается снижение температуры по сравнению с нормой в теплое время года на 4-7, 5 градуса и заметное повышение температуры в осенне-зимний период примерно на 3,5-5 градусов. В то же время, после строительства гидроэнергетического комплекса максимальные температуры воды ниже, чем до строительства, и достигаются уже не в июне-августе, а в августе-сентябре.
В зависимости от типа воды, для которой она используется или предлагается использовать в перспективе сектор реки Днестр вниз по течению плотины CHE-2, можно интерпретировать влияние гидроэнергетического комплекса как обычного (потенциального) положительного или отрицательного. В целом, комплекс воздействия, самое вредное влияние, после строительства гидроэнергетического комплекса, имели изменения в тепловом режиме, режиме аллювий (дна и суспензии), содержании суспензионных веществ (прозрачность воды), возможно, и биогенов, на экологические системы реки вниз по течению.
В 1997 и 2011 годах были проведены две молдо-украинские смешанные гидрохимические экспедиции, охватившие реку от истока до устья. Пробы были взяты из разных секторов реки, а анализы были выполнены в национальных лабораториях. Данные двух гидрохимических экспедиций свидетельствуют о характере изменения качества воды в продольном профиле реки и способны в определенной степени показать влияние влияния гидроэнергетического комплекса и отдельных его узлов на качество воды в водоеме. Но эти данные уникальны, потому что анализировался только по одному образцу с каждой точки отбора проб.